La etiología de la epididimitis en pacientes sin patologías de base urogenitales y en menores de 35 años es de etiología bacteriana, siendo Chlamydia el germen más frecuente. Sí es posible cursar con una epididimitis por cándida, pero es una condición por lo demás infrecuente y asociada a procesos de diseminación sistémica.
Ante la presencia de tumefacción o masas testiculares, es recomendable una valoración prioritaria con urología. Otras etiologías de las epididimitis de carácter más crónico se encuentran las micobacterias como la tuberculosis.