Dejar cualquier anticonceptivo puede hacer que se presente algo de irregularidad en los 2 o 3 ciclos siguientes y -probablemente- eso es lo que le esté pasando, dado que la protección con preservativo es muy efectiva. Le recomiendo que no se preocupe por el momento, seguro que ya que inició con algo de manchado la menstruación debe estar por venir.
Pero si cumple 4 semanas y no le llega, puede realizarse una prueba de embarazo para descartarlo y estar tranquila.