La budesonida esta contraindicada en casos de hipersensibilidad a la budesonida, tuberculosis, infecciones micóticas o virales en vías respiratorias, osteoporosis, cataratas, glaucoma, broncoespasmo, durante el embarazo y la lactancia. Su administración por vía oral está contraindicada en casos de úlcera péptica, diabetes mellitus, hipertensión. Pacientes que son manejados con amiodarona se incrementa el riesgo de desarrollar el síndrome de Cushing.