Puedes estar tranquilo, se ha comprobado que después de la extracción completa de las amígdalas no existe un deterioro o deficiencia inmunológica, es decir no se bajan las defensas.
En la cavidad nasal y bucal existen otro tipo de tejido llamado adenoides, específicamente se encuentran detrás de la nariz y cerca del paladar blando, estas nos ayudan a combatir las bacterias igual que las amígdalas, así que no va estar desprotegido.
Gracias por consultar, te invito a calificar y comentar la utilidad de la respuesta, quedo atenta a resolver mas dudas.