En general no se recomienda el uso de ningún tipo de sustancia inyectable en tu brazo como la carnitina.
Como no existen estudios en personas que demuestren la efectividad y la seguridad de esta clase de sustancias, lo mejor es evitarlas, la verdad no existe ningún conocimiento frente a cómo va a afectar esta sustancia tu anticoncepción, por lo que ante la duda y el desconocimiento de saber si la afecta o no, yo preferiría no usarla.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.